题目：基于隐马尔科夫模型的蛋白质多序列比对方法研究
主讲人：詹青，哈工大计算机学院博士研究生
时间：2018年10月24日 18:00-19:00
地点：哈尔滨工业大学科学园2E栋307室
研究方向：生物信息学
内容简介：
蛋白质多序列比对问题是生物信息学中基本的问题之一。通过多序列比对, 可以挖掘出多个序列间的保守区间与结构信息。它是许多问题的基础, 如片断组装、基因发现、构建进化树、蛋白质家族构建、蛋白质相互作用预测等。多序列比对方法大多为渐进式比对，在其三个步骤——双序列比对、引导树构建、序列谱（Profile）渐进比对中，隐马尔科夫模型是常用到的方法。本研究针对当前蛋白质多序列比对方法的不足，提出更高效准确的多序列比对方法。本研究的主要内容包括：
（1）针对序列比对中残基对得分的确定，本文提出了一种结合粒子群优化的隐马模型与配分函数的方法，计算后验概率。
（2）针对序列比对中引导树的构建，本文提出了一种自适应的方法，根据蛋白质家族序列的同一度（identity）高中低的不同，采用不同的方法，最终构建引导树。
（3）针对完成多序列初步比对后的迭代优化，本文提出了一种分块比对的方法，根据蛋白质不同的保守区域，对于比对结果分块重新进行比对。
（4）针对蛋白质多序列比对，综合以上方法，本文构建了一个全新的软件系统。
